科研事业单位的会计制度有别于企业会计制度，也有别于行政会计制度。随着科技体制改革的不断深化，科研事业单位的外部环境和内部运行机制都发生了变化。这就要求科研事业单位加强财务管理，建立与国家科技体制、财政体制以及相关政策相适宜的财务管理新机制，树立新的财务管理理念,充分发挥财务预测、财务决策、财务控制与财务分析的职能作用。以追求经济效益最大化。
一、规范财务管理，建立健全日常操作和管理制度
科研事业单位要想在激烈的市场竞争中站稳脚跟，就要提高内部竞争能力。建立与单位内部相适应的核算和指标体系，对科研部门、开发部门、后勤服务部门等采用不同的核算方法，设定不同的考核指标，逐步建立起以提高经济效益为目标，适应单位内部运行机制及要求，利于推行和落实内部经济责任，对单位经济活动实行全过程、全方位的控制和监督。提高会计人员的业务水平和专业技能，为保证资金安全完整和信息真实，做好会计基础工作。初级财务人员做记帐、算帐、对帐，盘点资产管理的基础工作。提供基础信息给上级财务管理人员，为便于领导对整体财务管理进行决策提供依据。
二、合理编制预算是财务管理的重要措施
编制单位预算是财务管理的主要任务，对合理地筹集、分配和使用资金，促进科研事业的发展有着重要意义。财务人员和科研人员要共同研究，合理编制科研经费预算，编制预算应坚持“以收定支、收支平衡、统筹兼顾、保证重点”的原则，考虑到积累与发展的关系，合理地科学地安排收支计划。
内部预算核准后，在实施过程中，财务预算是财务管理工作的重要环节。财务部门要定期分析考评，及时了解分析经费收支进度，发现实施过程中存在的问题，及时上报便于纠正。
三、实行资产使用完整有效
年末进行整体实物资产盘点，弄清各部门房屋面积和建设时间;设备办公用具购置时间、规格、名称、数量、总价。归集后报本部门领导，便于总体统筹。
健全购置，收发、维护出售(租赁)，报废专卖。权属变更时应请有资质的机构审计评估，保证财务管理的合法性。实现实物形态向以价值形态管理为主转变，静态向动态管理为主转变。
科研的辅产品——自产良种、粮食、蔬菜等收入在科研合同编辑时明确表述自产品，与购入出售商品严格区分，理顺应税责任。
规范实物资产的购进、使用、存库行为，提高实物资产使用率，使有限资产利用效益最大化。
四、无形资产利用
1、土地使用权：在确保基础研究用地前提下，示范推广、技术服务、生产用地、整体规划、合理使用、用地回报因素应纳入使用规划内，使有限土地合理有效使用。
2、科研成果和成果转化，应遵循国家对科研成本的界定。转让科研成果时，应进行评估审计等程序，明确财务管理责任和义务。
五、资金使用安全有效
1、资金的“生命”在于运动。作为“经济钟摆”的中枢，运动形式和存在形态，使用效率和增长效果集中反映出财务管理的水平。安全、充分地利用自有资金是财务管理工作的前提。对有收益的开发研究和经营项目，实行有偿使用，由所在单位法人代表和负债人签约担保，确定使用数额和限期。经济合同交公证机关公证。明确占用时间和占用费，明确双方责任。
对外投资的资金，按入股比例，股东会决议，明晰用款额度、利润分配和经济责任人的责权。应用法律保证资金安全和效益。当期资金(各项资金)责任人使用资金前，应有书面经批准的法定文件，明确资金使用应达到的效果，将有限资金用在刀刃上，少花钱多办事。
2、最大限度开拓资金渠道。科研机制与直接科研经费安排相互照应，相互制衡。在“保重点、储后劲、增活力”的原则下，把选择科研课题放在国内外市场中，切实避免科研计划同财务预算相互脱离。促使科研人员内引外联，多方找米下锅。用科研和经济相结合的思维方式，用市场经营行为，多途径引进课题资金并给予资金鼓励。
六、按时追加债权债务
科研事业单位的债权债务不像其他企业那么频繁，但是因为各方面原因，形成的预付、暂收款项，亦不在少数。每年末结算时应将预付暂存明细表提给单位负责人和责任人及时清收。防止超出追款时限而形成坏帐。
七、后勤工作的财务管理
科研事业单位后勤财务管理模式，执行企业会计制度。食堂、用车及其他通讯、打印服务是承包性质。应在提高人员的业务水平和专业技能,全方位做好后勤服务的前提下获得应有的回报。
(原载于《现代物业·新业主》2008年12期)
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